Prodi Fisika telah selesai menggelar program perkuliahan MBKM melalui program Merdeka Belajar PTKI (Merpati) yang diselenggarakan oleh kementerian agama lingkup Perguruan Tinggi Keagamaan Islam. Pada semester genap T.A. 2023/2024 Prodi fisika menawarkan 4 mata kuliah di Merpati yaitu Metode Grafiti dan Magnetik, Radiobiologi, Sensor dan Struktur Elastisitas Bahan. Terdapat 2 Mata Kuliah yang diprogram oleh mahasiswa yaitu, Mata kuliah Radiobiologi sebanyak 15 Mahasiswa dari UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta dan Mata Kuliah Struktur Elastisitas Bahan ada 1 mahasiswa dari UIN Sunan Gunung Jati Bandung.

Prodi Fisika telah mengikuti program MBKM Merpati ini dari tahun 2022 dan sudah program perkuliahan sebanyak 4 semester, dari semester ganjil 2022/2023, semester genap 2022/2023, semester ganjil 2023/2024 dan semester genap 2023/2024.